【ASCO-GI 2019】燃石自主研发的血检MSI技术bMSISEA首次亮相国际舞台

发布时间:2019-08-26

POSTER #515:结直肠癌患者血浆微卫星不稳定性的检测

Microsatellite instability detection from plasma of colorectal cancer patients

 

合作单位:上海瑞金医院,苏州大学附属第一医院

 

上海瑞金医院胃肠外科孙晶教授


研究背景:微卫星是基因上含有的重复DNA短小序列或单核苷酸区域。在肿瘤细胞中,当DNA甲基化或基因突变致错配修复(MMR)基因缺陷时,可导致微卫星不稳定 (microsatellite instability,MSI)。MSI对于结直肠癌(CRC)患者的治疗和预后具有重要的指导意义。然而,目前的MSI检测几乎都局限于组织,对于无法取到组织的部分晚期CRC患者,开发基于血浆的MSI检测方法极具价值,已成为该领域的研发突破重点。此外,肿瘤血检还具有组织不具备的无创性、实时性、非组织特异性等优势。燃石医学自独立研发了基于NGS的组织MSI检测技术之后,再次攻克难题,开发了同样基于NGS的血浆MSI检测技术——bMSISEA,研究结果在此次会议上首次展现。

 

研究内容:首先,通过对由PCR方法确定的MSI-H及MSS表型CRC患者的肿瘤-癌旁配对组织和WBC样本的检测分析,构建了bMSISEA算法的基线,并从燃石凯康ColonCore panel覆盖的MSI位点中通过算法分析挑选了具显著差异的特征位点,所选位点保证了在极低的ctDNA含量下,覆盖在MSI-H长度特征的测序片段几乎完全来自癌症DNA。然后,在另一组独立的87例CRC样本(包括43例MSI-H和44例MSS)中,证实基于血浆样本的MSI-H检测特异性高达100%。当筛选其中满足maxAF>0.2%(ctDNA>0.4%)的血浆样本时,检测灵敏度为94.1%,准确性为97.7%。当仅选取maxAF>0.5%(ctDNA>1%)的样本时,检测准确性为100%。最后,通过350例模拟样本评估基于不同ctDNA含量的血浆样本的检测灵敏度。模拟结果呈现出与真实临床样本相似的灵敏度和准确性。研究结果显示,在保证检测特异性的基础上,当血浆中ctDNA占比足够(maxAF>0.2%)时,bMSISEA具有足够高的检测灵敏度。

 

研究亮点:燃石医学在此次ASCO-GI会议上公布了自主研发的基于NGS的血浆MSI检测技术——bMSISEA方法,对于maxAF>0.2% (ctDNA>0.4%)的血浆样本,相比配对组织检测可达到100%的特异性及极高的灵敏度,为实现基于血浆样本的一站式突变+MSI无创检测提供了重要的方法学支撑。目前,燃石凯康ColonCore panel血液版bMSI检测已全面推出,将为更多的患者带来福音。